El programa Departamentos y Municipios Seguros, nace en el año 2004 como respuesta a una necesidad del Gobierno Nacional, en relación con el desarrollo de un trabajo articulado entre las autoridades político administrativas y las demás instituciones de seguridad y justicia, para recuperar el orden público a nivel nacional, y de esta manera lograr que los gobernadores y alcaldes tuvieran el control en sus territorios de los temas de seguridad y convivencia ciudadana, tal como lo expresa la Constitución Política de Colombia en los artículos 303 y 315. Durante su creación el Programa DMS contó con el apoyo y liderazgo del Ministerio del Interior y la asesoría técnica de la Universidad George Town, como operador de la Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional - USAID, quienes articulados con el Mando Institucional diseñaron ciclos de trabajo, los cuales obedecen a la dinámica propia de la democracia colombiana (4 años).
En el desarrollo de cada ciclo o periodo de gobierno, se incorporan tres fases y una interfase de sensibilización a candidatos la cual se activa durante el segundo semestre del año anterior a las elecciones para Gobernadores, Alcaldes, Diputados y Concejales. Toda vez que el Programa Departamentos y Municipios Seguros, busca capacitar, asesorar y acompañar a los mandatarios departamentales y locales en la construcción, aprobación y adecuada implementación de los Instrumentos para la Gestión Territorial y el fortalecimiento de la gobernabilidad, se crearon tres líneas de trabajo a saber:
Capacitación, Comunicación y Proyectos Especiales, las cuales permiten el acompañamiento personalizado a los mandatarios, la generación de material de consulta y el apoyo en el diseño y elaboración de Planes Integrales de Seguridad y Convivencia Ciudadana y proyectos de inversión.